Kloosters spelen een belangrijke rol in de geschiedenis van Maarhuizen. De benedicterabdij van Werden in Duitsland was invloedrijk met veel bezit in het Noorden en Oosten van het land. Dit klooster bezat ook gronden op en rond Maarhuizen. In hun archieven duidden ze dit aan met 'maiori Huson' (belangrijke huizen). Deze benedicterabdij bezat ook gronden op en rond het buurtschap 'Lutkehuizen' dat iets zuidelijker lag dan Maarhuizen. Dat duidden ze aan met 'minori Huson' (minder belangrijke huizen). Van Lutkehuizen is de 'Baatjeborg', gelegen aan het Winsumerdiep, bewaard gebleven.

Het is aannemelijk dat de Latijnse naam 'maiori Huson' in de loop van de tijd is veranderd in 'Maarhuizen”. Later werden de kloosters van Wijtwerd en Aduard eigenaar van het overgrote deel van het land. De Johannieter commanderij Wijtwerd bezat de meesten gronden aan de noordoostkant van Maarhuizen. De St. Bernardusabdij uit Aduard bezat de meeste gronden aan de zuidkant van de wierde. Bijzonder is dus dat Maarhuizen onderdeel was van twee verschillende kloosters. Op de plek van Maarhuizen 1 stond een voorwerk van het klooster van Wijtwerd.

Noeste arbeid

De kloosters bezaten dan wel het land, maar de monniken bewerkten dat meestal niet zelf. Een deel van de gronden werd bebouwd met grote boerderijen, 'voorwerken' genoemd. Lekenbroeders deden daar het werk. Een ander deel van de gronden werd verpacht aan boeren. De pachtgelden zorgden voor een tamelijk zeker inkomen voor de kloosters.

Een pachter heette 'meier'. Als je kloostergrond pachtte, dan was je een 'kloostermeier'. Gebruikelijk was dat alleen de grond werd gepacht, en had je het recht om er zelf een boerderij op te bouwen. Dat deed je natuurlijk alleen als je zeker wist dat je lang op de plek zou kunnen blijven. Het was niet ongebruikelijk dat pachters hun leven lang op dezelfde plek de gronden konden pachten en zelfs konden overdragen op hun kinderen of anderen. De pachter was verplicht om de gronden bij elkaar te houden, de zogenaamde 'beklemming'.

Het tij keert

In de tweede helft van de 16e eeuw krijgen de katholieke kerken en kloosters het moeilijk. Na de reformatie neemt het aantal protestanten gestaag toe en daarmee het verzet tegen de katholieken. In 1566 begint de Beeldenstorm, in 1580 wordt het klooster van Aduard verwoest. Het klooster van Wijtwerd ondergaat hetzelfde lot in 1587.

De stad Groningen blijft een katholiek bolwerk, waar in 1559 het bisdom Groningen wordt gesticht. Dit was echter geen lang leven beschoren. In 1594 capituleert de stad na een belegering door Maurits van Nassau en Willem Lodewijk van Nassau-Dillenburg. Groningen verenigt zich daarna met het Ommeland tot één provincie. Dit wordt de 'Reductie van Groningen' genoemd. Na de reductie is het openlijk belijden van de Rooms-katholieke godsdienst verboden. De provincie legt beslag op alle eigendommen van katholieke kerken en kloosters. Ook zet de provincie de traditie van het pachten voort.  

Rond het eind van de 18e eeuw verkoopt de provincie de landerijen, soms aan kapitaalkrachtige beleggers, soms aan de pachters.